Con la Determinazione del Direttore Generale n. 750 del 13 dicembre 2010 è stata approvata la nuova versione del Manuale di Gestione relativa alle Operazioni finanziate con il contributo del Fondo Sociale Europeo ed è stata aggiornata la Nuova Versione della Descrizione del Sistema di Gestione e Controllo.
 
Il presente manuale di gestione FSE ha come obiettivo quello di fornire a tutti i soggetti coinvolti nell'attuazione del POR Molise 2007-2013, una guida ai processi individuati nell'ambito del sistema di gestione e controllo definito dalla Direzione III, le diverse fasi di attività, i Servizi ed Uffici coinvolti, le responsabilità, le metodologie utilizzate e gli strumenti di supporto.
 
La struttura del Manuale prevede la seguente articolazione:

Nella prima parte (capitoli 1-4) vengono descritte le procedure di adozione e modifica del Manuale; il quadro normativo di riferimento; gli assetti organizzativi dell'Autorità di Gestione e le principali funzioni svolte.

Nella seconda parte, vengono rappresentate le principali procedure adottate dall'autorità di Gestione relativamente a :

Il presente manuale sarà opportunamente diffuso a tutto il personale dell'Autorità di Gestione e sarà aggiornato in concomitanza con eventuali cambiamenti che interverranno nelle procedure di gestione.